Door het groot aantal dodelijke ongelukken in het jaar 1958, zowel in de USA als in Europa, besliste het USAC (United States Automobil Club ?) dat de racewagens voortaan een rolbar moesten hebben. Daarbij kwam nog, na het noodlottig ongeval tijdens de eerste training, waarbij Jerry Unser levend werd verbrand, dat de coureurs een brandvrije overal moesten dragen.

De rest van de trainingen verliep gelukkig zonder ongevallen. Al had Bettenhausen enkele minuten voor de start van de eerste kwalificatietraining op 16 mei, veel geluk dat hij zonder kleerscheuren uit zijn wrak kon kruipen nadat hij de controle over zijn stuur had verloren en met een harde klap in de muur was gevlogen. Hij spinde naar het middenplein om daar dan nog een koprol met zijn wagen te maken. Op de eerste dag reed Thomson naar de pole met een gemiddelde snelheid van 145,908 MPH. Hij verbrak ook het recordsnelheid over één ronde met een snelheid van 146,532 MPH. Elf andere coureurs konden zich de eerste dag ook nog kwalificeren, zodat de eerste 4 rijen al bezet waren na de eerste trainingsdag. Op zondag, de tweede kwalificatiedag, was er veel wind en die speelde in het nadeel van de coureurs. Slechts 2 coureurs wisten zich die dag te kwalificeren voor de race. Tijdens het tweede kwalificatieweekeinde moesten er nog 19 startplaatsen toegewezen worden. Maar achteraf bleek dat niemand in de buurt kon komen van de snelheid van Thomson. Bob Christie was op zondag de snelste met 143,244 MPH. Tussen de 2 kwalificatieweekeinden in viel er trouwens nog een tweede dodelijk ongeval te noteren. Bob Cortner verloor, waarschijnlijk door de stevige wind, de controle over zijn wagen en knalde in de muur. Er kon geen hulp meer baten voor hem.

Toen de wagens van start gingen voor de opwarmingsronden bleef Jimmy Bryan staan. De mecaniciens slaagden er niet in om zijn wagen aan de praat te krijgen. Toen de andere wagens hun eerste raceronde hadden gereden, lukte het eindelijk toch. Hij vertrok van uit de pit, maar liet direct een grote rookpluim achter zich. Hij reed één rondje om dan in de pit op te geven. Ondertussen had Thomson, vanaf de pole positie, de leiding in handen genomen. In de 6e ronde kon Ward hem echter passeren. Dick Rathmann reed op de derde plaats voor zijn broer Jim, die na een slechte start zijn ritme had gevonden. In minder dan 10 ronden stoomde hij door naar de leiding van de race. Ondertussen was Sachs, in een poging om in de slipstream van Jim Rathmann te volgen, gespind. Hij raakte echter niets en kon achteraan het veld opnieuw aanpikken. Ondertussen was ook Flaherty aan een opmars begonnen. Hij nam de vijfde plaats over en kwam al snel aansluiten bij de top-vier.

Na 20 ronden reed Jim Rathmann nog steeds op kop, voor Ward. Thomson reed nu achter Dick Rathmann. Flaherty zou in die ronde de vierde plaats overnemen van Thomson. Twee ronden later ging hij ook voorbij Dick Rathmann en Rodger Ward. Flaherty bestookte onmiddellijk de leidersplaats van Jim Rathmann. Gedurende 20 ronden reed er telkens iemand anders aan de leiding op het einde van de ronde. In de 44e ronde maakte Jim Rathmann zijn eerste pitstop. Drie ronden later deed Flaherty ham dat na. Ondanks dat beiden amper 20 seconden verloren tijdens hun stop, waren ze toch gepasseerd door Ward en Thomson. Net toen Flaherty terug op de baan verscheen, kwam de eerste ‘full course yellow’. Iedereen die nog geen pitstop had gemaakt, ging snel richting pit. Turner deed dat wel erg rustig. Zijn wagen leek net een brandende toorts omdat de brandstoftank was gescheurd. De vlammen werden snel gedoofd, maar uiteraard moest Turner de strijd wel staken. Ondertussen was Magill gespind en tijdens deze spin geraakt door Weyant. Larson en Amick probeerden beide wagens te vermijden, maar raakten daardoor elkaar. Ze spinden samen op het middenplein. Alle vier de rijders moesten de strijd staken, al had geen enkele coureur hier kwetsuren aan overgehouden. Thomson was er in geslaagd, ondanks een pitstop, de leiding over te nemen. Ward reed op dat moment op de tweede plaats, gevolgd door Flaherty en Jim Rathmann. De vier bleven kort bij elkaar tot Thomson in de 84e ronde zijn 2e pitstop maakte. Hij kwam als 4e terug op de baan. Hij rukte echter, na de pitstops van Jim Rathmann en Flaherty, terug op naar de 2e plaats. Zijn achterstand op Ward bedroeg ongeveer 30 seconden.

Drie ronden na halfweg maakte ook Ward zijn 2e pitstop. Hij verloor 20 seconden van zijn voorsprong maar behield de leiding. Thomson probeerde wel om het gat te dichten, maar tot de 127e ronde bleef het verschil ongeveer 10 seconden. Dan maakte Thomson al zijn derde pitstop. Hij viel terug tot de derde plaats achter Jim Rathmann. Dan volgde er weer een ‘full course yellow’ omdat Crawford was gespind. Eens de groene vlag terug werd gezwaaid, probeerde Jim Rathmann Rodgder Ward te passeren. Dit lukte echter niet en toen hij in de 148e ronde zijn derde pitstop maakte, had hij bijna een ronde achterstand op Ward. Thomson had daardoor de 2e plaats weer overgenomen.

In het laatste deel van de race vielen er niet veel veranderingen mer te noteren, al kwam Jim Rathmann langzaam maar zeker korter op Thomson. Net voor Ward, in de 165e ronde zijn derde pitstop maakte en Flaherty crashte, kon Jim Rathmann dan toch voorbij Thomson geraken. Het was wel duidelijk dat zonder ongelukken Rodger Ward de 500 mijl van Indianapolis editie 1959 winnen zou afsluiten. Op de eindstreep had hij 23 seconden voorsprong op Jim Rathmann. Deze mocht van geluk spreken dat hij nog tweede werd, want in de uitloopronde kwam hij zonder brandstof te zitten. Thomson eindigde op de derde plaats voor Bettenhausen, Goldsmith, Boyd en de 10 andere coureurs die de eindstreep haalden.

In de stand voor het wereldkampioenschap kwam Ward net achter Jack Brabham postvatten. Maar zoals in alle voorgaande seizoenen, was de 500 mijl van Indianapolis een buitenbeentje in het kampioenschap. De race zou van geen enkel belang zijn in de afrekening op het einde van het seizoen. Bij de constructeurs veranderde er trouwens niets ten opzichte van de vorige wedstrijd.