Na het succes van vorig seizoen ging de Grand Prix terug door op het 3,7 km lange circuit van Watkins Glen. Enzo Ferrari had zijn team teruggetrokken voor de rest van het seizoen. Uiteraard lagen de slechte resultaten aan de basis hiervan. Het team kon zich nu ten volle concentreren op de nieuwe wagen voor volgend seizoen. 21 coureurs hadden de oversteek naar de USA gemaakt. Daarbij ook opnieuw de Brabham BT3. Voor de rest waren het de teams die er elke GP van dit seizoen al bij waren namelijk: BRM, Cooper, Lotus, Lola en Porsche.

Van in het begin van de eerste training, op vrijdagmorgen, reden de beiden coureurs van BRM de snelste tijden. Dan Gurney probeerde in de buurt te blijven van Graham Hill en Richie Ginther. Samen met Jack Brabham en Bruce McLaren slaagde hij daar in. Het was echter Jim Clark die helemaal op het einde van de training de snelste tijd realiseerde met 1’15,8”. Ook op het einde van John Surtees op zijn Lola af te rekenen met een stuurbreuk. Hij vloog van het circuit, recht tegen een boom. Gelukkig hield John Surtees hier geen verwondingen aan over. Zijn Lola was echter totaal verwoest. Roy Salvadori moest zijn wagen afstaan aan John Surtees en kon niet deelnemen aan de race omdat het team van Bouwmaker geen reservewagen ter beschikking had. Op zaterdag was de baan nog nat na de hevige regen in de loop van de ochtend. Uiteraard slaagde niemand er in om zijn tijd van gisteren te verbeteren. Jim Clark en Graham Hill waren in deze condities de snelsten met een tijd van 1’22,1”.

Er stonden 18 coureurs op de grid. Buiten Roy Salvadori kwam ook Jim Hall en Phil Hill (uitgeleend aan Porsche) niet aan de start. John Surtees moest helemaal achteraan starten omdat de snelste tijd, in de wagen van Roy Salvadori, onder natte omstandigheden niet beter was dan 1’29,2”. Zijn tijd van vrijdag, 1’18,1”, werd geannuleerd. Jim Clark schoot van uit zijn pole positie naar de leiding. Graham Hill reed net achter hem op de tweede plaats. Op het einde van de eerste ronde had dit duo al een kleine voorsprong op Richie Ginther, Jack Brabham, Dan Gurney en Bruce McLaren. Iedereen leek wel tevreden te zijn met de positie die hij voorlopig innam want de enige wissel in de 2e ronde was dat Dan Gurney Jack Brabham passeerde. In de volgende ronde ging Dan Gurney ook voorbij zijn landgenoot Richie Ginther. Deze liet het hier echter niet bij en vocht onmiddellijk terug. Verschillende ronden reed dit duo, net als Jim Clark en Graham Hill, wiel in wiel. Op enige afstand werden ze gevolgd door Jack Brabham en Bruce McLaren.

In de 10e ronde had het leidende duo een voorsprong van 5 seconden op de tweede groep en 20 seconden verder volgden Masten Gregory en John Surtees, die in zijn Lola al was opgerukt naar de achtste plaats. De wagens reden al erg verspreid over de omloop. De achterblijvers waren zelfs al gedubbeld. Het was tijdens het dubbelen van één van die achterblijvers dat Graham Hill voorbij Jim Clark geraakte. Dat gebeurde in de 12e ronde. Ook achter hen was er een positiewissel. Richie Ginther was er in geslaagd om de derde plaats terug over te nemen van Dan Gurney. Het groepje van vier dat vocht voor de derde plaats reed nog steeds erg kort bij elkaar. Ondertussen zette Jim Clark Graham Hill onder druk. In de 29e ronde kon de Schot de leiding terug overnemen. Vanaf dat moment reed hij langzaam maar zeker weg van de BRM van Graham Hill. Richie Ginther reed op de derde plaats. Hij behield deze plaats tot het einde van zijn race. In de 35e ronde gaf zijn BRM motor de geest en zat zijn race er op. Dan Gurney nam de derde plaats terug over. Hij stond wel onder grote druk van Bruce McLaren. Dan Gurney reed met zijn Porsche rondenlang op de limiet, maar moest zich in de 57e ronde toch gewonnen geven. Hij verloor ook direct de aansluiting met de Cooper. Jack Brabham kwam hem nu onder druk zetten. 12 ronden later reed Dan Gurney op de vijfde plaats.

Na drie kwart van de afstand was het verschil tussen Jim Clark en Graham Hill al opgelopen tot 15 seconden. De rest van het veld was ondertussen al gedubbeld. Op het einde van de race kon Graham Hill de kloof met Jim Clark nog wel wat verkleinen, maar bedreigen kon hij de Schot niet meer. Jim Clark reed dus vrij makkelijk naar de zege met een voorsprong van 9,2 seconden op Graham Hill. Derde, op meer dan één ronde, werd Bruce McLaren voor Jack Brabham, Dan Gurney en Masten Gregory.

In de stand voor het wereldkampioenschap ontstond er een interessante situatie. Met nog 1 Grand Prix te rijden had Graham Hill nu 39 punten. Jim Clark volgde op 9 punten, en kon de titel nog pakken als hij de race in Zuid-Afrika zou winnen. Derde stond Bruce McLaren met 24 punten, vierde John Surtees met 19 punten. Bij de constructeurs had BRM nu 39 punten voor Lotus/Climax met 36. Derde stond Cooper/Climax met 27 voor Lola met 19 punten.