Niet minder dan 26 inschrijvingen mochten de organisatoren van de Grand Prix van Duitsland verwelkomen. Daarbij de teams van BRM, Lotus, Cooper, Ferrari, Brabham, Scirocco, BRP (wel met Lotus wagens), het team van Rob Walker, het team van Centro-Sud, het team van Maasbergen (met Porsche wagens), en enkele privé-inschrijvingen.

Tijdens de eerste training, op vrijdagmorgen, slaagden er maar twee coureurs in om een ronde op de Nürburgring af te leggen onder de 9 minuten. Het waren John Surtees en Lorenzo Bandini. De Italiaan reed met 8’59,3” net onder die grens, maar Surtees liet een verbluffende 8’46,7” noteren. Dit gaf het team van Ferrari een goed gevoel voor de wedstrijd, zeker omdat ook hun 2e rijder, Willy Mairesse, opnieuw aanwezig was nadat hij hersteld was van zijn brandwonden opgelopen in Le Mans. De reden dat er zo weinig coureurs onder die 9 minuten grens doken, waren verschillend. Graham Hill was nog steeds niet tevreden over de BRM P61 en stapte nog maar eens over op het model P57. Jim Clark stond dan weer de meeste tijd in de pit met een mechanisch probleem. Innes Ireland spinde van de baan en beschadigde daarbij zijn BRP. Hij moest in de reservewagen van het team verder. Dit was echter een Lotus 24. In de namiddag had het op sommige delen van het circuit geregend. Jim Clark was in deze omstandigheden de snelste met een tijd van 9’44,0”. Maar deze tijden zouden van geen belang zijn in het verdere verloop van het weekeinde.

Op zaterdagmorgen was het gelukkig droog. Het was nu of nooit om een goede uitgangpositie voor de race te verwerven. Jim Clark liet er geen gras over groeien en reed al snel 8’45,8”. Het was zelfs nog 0,9” sneller dan de kanontijd van John Surtees. Surtees zelf slaagde er niet in om zijn tijd scherper te stellen. Lorenzo Bandini eindigde deze training op een mooie derde plaats in zijn Centro-Sud BRM. Graham Hill en Bruce McLaren vervolledigden het vijftal dat onder de 9 minuten grens reed. Na de trainingen beslisten de organisatoren dat Andre Pilette, Ian Raby, Tim Parnell en Kurt Kuhnke te traag waren. Ze kregen geen startrecht voor de race.

Ook op zondag was het weer goed. Jack Brabham en Ian Burgess hadden op de startgrid hun motor laten afslaan en zagen hoe de anderen de jacht openden op Jim Clark die onmiddellijk de leiding had genomen. Toen de Lotus na de South Kurve accelereerde, bleek echter al gauw dat de Climax motor maar op zeven in plaats van de gebruikelijke acht cilinder draaide. Voor Adenau kon Richie Ginther de leiding in zijn BRM al overnemen. John Surtees, die niet zo goed was weggekomen na de start, opende meteen de aanval op de Schot. Op het einde van de eerste ronde reed de Ferrari inderdaad voor Jim Clark. Net achter hen reden Bruce McLaren en Graham Hill. Het verschil tussen de eerste vijf bedroeg amper meer dan één seconde. Op de zesde plaats reed Tony Maggs met een achterstand van vijf seconden. Dan volgden Willy Mairesse en de rest van het veld met uitzondering van Lorenzo Bandini. Die zijn wedstrijd zat er al op. Na een slechte start had de Italiaan geprobeerd om net voor de Karussel Innes Ireland te passeren. De twee wagens raakten elkaar en moesten beiden opgeven, al geraakte Ireland nog wel tot in de pit. Daar stond op dat moment ook al Dan Gurney, die aan zijn Brabham liet sleutelen. In de 2e ronde sprong de BRM van Ginther uit zijn versnelling. Hij viel daardoor terug naar de vijfde plaats. Voor Willy Mairesse was het allemaal wat erger. Hij crashte bij ‘Flugplatz’. Hij werd ernstig gewond toen zijn Ferrari over de kop sloeg. Dit ongeval zou trouwens het einde van zijn carrière betekenen. Een ronde later crashte Amon op bijna dezelfde plaats. Zijn stuurstang was afgebroken. Hij blesseerde zich hierbij aan de knie. Ook Graham Hill moest de strijd staken in de 3e ronde. Op zijn BRM was zijn versnellingsbak stuk gegaan. Op dat moment reden er nog 17 wagens rond.

Ondertussen duelleerden John Surtees en Jim Clark nog steeds voor de leiding. Op het einde van de vierde ronde kwam Jim Clark net voor Surtees over de finish. Maar Clark bleef problemen hebben met zijn motor. Telkens hij vrij hoog in de toeren klom, viel er een cilinder uit. John Surtees nam de leiding weer over en Jim Clark moest op al zijn capaciteiten beroep doen om in zijn spoor te blijven. Bruce McLaren, die de derde plaats had overgenomen na de opgave van Graham Hill, reed eenzaam over het circuit. Even later brak er achteraan op zijn Cooper iets af. Hij vloog van de baan. Door de klap was hij zelfs even bewusteloos. Richie Ginther nam nu de derde plaats over voor Tony Maggs, Jo Siffert, Jo Bonnier, Carel Godin De Beaufort en Gerhard Mitter (beiden in een Porsche). Daarna volgden er nog 8 wagens. Het veld werd in de zesde ronde nog verder uitgedund. Beide Scirocco coureurs moesten eveneens de strijd staken. Tony Settember spinde van de baan en Ian Burgess zijn stuurstang was afgebroken.

Net over halfweg, na 8 ronden, verloor de motor van Jim Clark nog meer vermogen. John Surtees profiteerde van deze gelegenheid om Jim Clark op afstand te rijden. Desondanks reed Jim Clark nog sneller dan Richie Ginther. Deze moest sturen met één hand omdat hij met de andere probeerde te voorkomen dat de wagen uit zijn versnelling sprong. Jo Siffert reed op dat moment op plaats 4 omdat Tony Maggs motorproblemen kende en even later de strijd moest staken. Maar ook de Zwitser kende problemen. In de 11e ronde brak het differentieel op zijn wagen. Ook voor hem zat de race er op. Ook de Porsche van Carel Godin De Beaufort gaf op omdat hij een wiel had verloren. Er reden op dat moment nog slechts 9 wagens op de Nürburgring rond. Aan de kop reed John Surtees alsmaar verder weg van Jim Clark. Aan de finish was zijn voorsprong opgelopen tot meer dan één minuut. Het was de eerste zege van Ferrari sinds de Grand Prix van Italië in 1961. Tweede werd Jim Clark met een motor die bijna de geest gaf. Zijn laatste ronde reed hij in 9’40,3”. Richie Ginther en Gerhard Mitter waren de enige twee andere coureurs die de volle afstand reden.

In de stand voor het wereldkampioenschap had Jim Clark een ruime voorsprong. Hij had nu al 42 punten. Zijn naaste belager, John Surtees, had er 22. Derde stond Richie Ginther met 18 voor Graham Hill met 13 punten. Bij de constructeurs had Lotus/Climax nu 43 punten voor BRM en Ferrari met 22 en Cooper/Climax met 17 punten.