Door de overwinning van John Surtees in Monza werd hij plots toegevoegd aan het lijstje met kandidaat wereldkampioenen. Zijn achterstand op Graham Hill was geslonken tot 4 punten en op Jim Clark tot 2 punten. Het succes van het Ferrari team werd wel overschaduwd door het conflict van Enzo Ferrari met de Italiaanse Automobiel Club en de FIA. Het conflict handelde over de homologatie van hun 250LM en 275LM wagens in de GT-categorie. Het conflict stond op punt te escaleren en Enzo Ferrari leverde zelfs zijn racelicentie in. Daardoor had Ferrari zelfs geen recht meer om aan eender welke wedstrijd nog deel te nemen. Enzo Ferrari verklaarde zelfs dat er nooit nog een Ferrari zou racen op Italiaanse bodem. Het resultaat van dit alles was dat de Ferrari wagens in Watkins Glen ingeschreven werden door het North American Racing Team. Het Ferrari rood werd dan ook vervangen door de blauw-witte kleuren van dat team.

In totaal schreven er zich 19 coureurs in voor deze race. Ze waren verdeeld over de teams van Lotus, BRM, Brabham, Ferrari (via North American Racing dus), Cooper, Cooper , Honda en BRP. Van privé-kant waren de vertrouwde teams ook aanwezig zoals het team van Reg Parnell en Rob Walker.

De andere kleurstelling maakte de wagens van Ferrari er wel niet trager op. John Surtees was samen met Jim Clark de snelste coureur tijdens de eerste twee trainingen. Het was Jim Clark die met 1’12,65” de pole positie innam op het geherasfalteerde circuit. Derde werd Dan Gurney met amper 0,02” achter hem Graham Hill als vierde. Deze droeg voor de derde race op rij nog steeds een nekbescherming naar aanleiding van een ongeval tijdens testritten op het circuit van Snetterton. Ook nu verscheen de V12 Ferrari weer op de baan. Lorenzo Bandini reed er even snel mee dan met de V6 en besliste dan ook om met de nieuwe wagen het raceweekeinde af te werken.

Op zondag was het mooi en warm en om 14.00 uur werden de 19 coureurs op pad gestuurd. John Surtees was net iets sneller weg dan Jim Clark en nam de leiding van de race in handen. Mike Spence maakte een goede start vanaf de derde rij. Voordat de wagens over de heuvel uit het zicht verdwenen, was hij ook al zijn teamgenoot Jim Clark gepasseerd. In de loop van de eerste ronde bleven de drie leiders op hun zelfde positie rijden. Na één ronde kwam Graham Hill als vierde door. Dan Gurney had een slechte eerste ronde achter de rug en kwam pas op de zevende plaats door. Al snel ging hij echter voorbij Innes Ireland en Jack Brabham en zocht hij de aansluiting met het leidende viertal. Jim Clark en Graham Hill hadden ondertussen een hevig gevecht om de derde plaats. In de 5e ronde ging Graham Hill voorbij Mike Spence naar een tweede plaats. Jim Clark deed er echter alles aan om Graham Hill niet uit het oog te verliezen. Hij ging korte tijd later niet alleen voorbij zijn teamgenoot Mike Spence, maar ook voorbij Graham Hill zelf. Daar bleef het echter niet bij, want hij opende direct de aanval op de leiderspositie van John Surtees. Mike Spence van zijn kant kon het hoge tempo niet aanhouden en werd gepasseerd door Dan Gurney. Jim Clark had 5 ronden nodig om de leiding van John Surtees over te nemen. Jim Clark reed al snel weg van John Surtees die nu onder druk kwam te staan van Graham Hill en Dan Gurney. Mike Spence reed nog steeds op de vijfde plaats. Hij werd echter op de huid gezeten door Jack Brabham. In de 15e ronde gaf de Australiër echter op met een motorprobleem. Ook Innes Ireland was al uit de wedstrijd verdwenen in de derde ronde met problemen aan zijn versnellingsbak. Bruce McLaren reed nu net achter de tweede wagen van het Lotus team. Drie ronden later moest hij echter een pitstop maken om de bougies van zijn motor te laten vervangen. De strijd voor de zesde plaats ging nu tussen Lorenzo Bandini , Jo Bonnier, Jo Siffert en Chris Amon. Bruce McLaren, die na zijn pitstop terug in de race verscheen, moest in de 27e ronde opgeven omdat zijn motor niet meer op alle 8 de cilinders draaide.

In de 40e ronde leek Jim Clark de race goed onder controle te hebben. Maar plots verkleinde zijn voorsprong als sneeuw voor de zon. Hij kreeg last met de brandstofinjectie op zijn motor. Vier ronden probeerde Jim Clark het nog. Ondertussen was hij al gepasseerd door John Surtees, Graham Hill en Dan Gurney. In de 45e ronde reed hij de pit in. Het duurde twee ronden eer hij terug kon vertrekken, maar zelfs dan nog was zijn wagen niet helemaal in orde.Zes ronden later stond hij al opnieuw in de pit. Mike Spence werd ook naar de pit geroepen en net als in de eerste jaren van de Formule 1 verwisselden de twee van wagen. Jim Clark wist heel goed dat hij daardoor in deze race geen punten meer kon scoren. Zijn doel was dan ook om zijn concurrenten punten af te nemen. Mike Spence hield het in de wagen van Jim Clark maar 4 ronden meer uit en gaf dan op. Ook Jo Bonnier, Chris Amon en Ronnie Bucknum hadden toen de race al verlaten. In de 59e ronde kregen ze het gezelschap van Lorenzo Bandini in de 12 cilinder Ferrari. Na een pitstop, waar men blijkbaar de problemen niet had kunnen oplossen, bleef hij maar problemen hebben met de motor. Ondertussen leek Graham Hill het gevecht voor de leiding gewonnen te hebben. John Surtees en Dan Gurney moesten onder hun beiden nog uitmaken wie er tweede zou worden. In de 63e ronde, toen John Surtees een achterblijver dubbelde, spinde hij echter. Zeven ronden later nam John Surtees echter de tweede plaats over toen Dan Gurney de race moest verlaten doordat de oliedruk op zijn motor was weggevallen. Jim Clark reed nu op de derde plaats. Maar zijn pogingen om Graham Hill en John Surtees in te halen werden gedwarsboomd door problemen met de brandstofpomp. Na 102 ronden moest hij de race verlaten. Ondertussen reden Graham Hill en John Surtees de resterende ronden probleemloos af. Graham Hill won de race met een voorsprong van 30 seconden op de Ferrari van John Surtees.Met één ronde achterstand werd Jo Siffert derde. Mike Hailwood moest in de101e ronde de wedstrijd nog verlaten doordat er een olieleiding was gebroken. Daardoor kon Richie Ginter de 4e plaats nog overnemen. Walt Hangsen en Trevor Taylor werden respectievelijk 5e en 6e. De enige andere wagen die de finish bereikte, was deze van de Amerikaan Hap Sharp. Hij werd echter niet geklasseerd doordat zijn achterstand te groot was. Deze bedroeg maar liefst 45 ronden doordat hij een pitstop van meer dan een uur had gemaakt.

In de stand voor het wereldkampioenschap had Graham Hill nu 39 punten voor John Surtees met 34 en Jim Clark met 30. Bij de constructeurs had Ferrari nu 43 punten voor BRM met 42 en Lotus/Climax met 36.