Het team van Honda had beslist om voor deze Grand Prix terug te keren naar Japan. Daar konden ze dan in alle rust de Grand Prix van Italië voorbereiden. Hun wagens, die de laatste maanden al veel vooruitgang hadden geboekt, hadden echter nog steeds te veel last van allerlei kinderziektes. Jack Brabham en Lotus van hun kant hadden beslist om elk 3 wagens in te zetten. In totaal schreven er zich 22 coureurs in voor deze race. Deze waren verdeeld over de teams van Lotus, Brabham, Ferrari, BRM en Cooper. De volgende privé-teams schreven zich ook in: Rob Walker, Reg Parnell en Centro-Sud, aangevuld met nog enkele kleinere teams.

De trainingen begonnen op vrijdag en tijdens de eerste sessie was het vooral Jackie Stewart die iedereen met verstomming sloeg. De Nürburgring was gezien zijn lengte en het grote aantal bochten een erg moeilijke baan voor nieuwelingen. De coureurs moesten hier dus eerst ervaring opdoen voordat ze snelle tijden konden realiseren. Maar Jackie Stewart was hier amper voor de tweede keer aanwezig! In vergelijking met het vorige seizoen hadden de organisatoren grote stukken van het circuit geherasfalteerd. Maar dan nog was het een verrassing dat Jackie Stewart 9 seconden beter deed dan het ronderecord van John Surtees uit 1964. De beste tijd van Jackie Stewart was 8’30,6”. Ondertussen had Jim Clark al heel dikwijls de pit opgezocht waar hij telkens enkele aanpassingen liet uitvoeren aan de ophanging van de wagen. In de namiddag, toen Clark tevreden was met de afstelling van zijn Lotus, reed hij een ronde in 8’22,7”. Zelfs Jackie Stewart had hier geen antwoord op. Dit had deels te maken met elektrische problemen op zijn BRM waardoor hij amper een snelle ronde kon afleggen. Ondertussen waren ook Graham Hill, John Surtees en Dan Gurney allemaal sneller dan 8’30”. Daardoor viel de Schotse BRM coureur terug tot de 5e plaats. Maar tijdens de laatste trainingssessie, op zaterdag, reed hij met 8’26,1” zich terug naar de 2e plaats. Hij was trouwens één van de weinige coureurs die in de vochtige Eifel zijn tijd wist te verbeteren. Roberto Bussinello en Ian Raby bleken na de trainingen niet snel genoeg te zijn en kregen geen startrecht voor de race. Bob Anderson kon ook de start op zondag niet nemen, maar dat was te wijten aan een trainingsongeval op zaterdag waarbij hij zijn wagen onherstelbaar beschadigde.

Net voor de start vielen er een paar regendruppels, maar voor de teams zich zorgen moesten maken over hun bandenkeuzes, was het al terug droog. Toen de start gegeven werd, schoot Jim Clark onmiddellijk naar de leiding. Aan de andere kant van de eerste rij had John Surtees al direct grote problemen. Hij kon de eerste versnelling niet inschakelen en bleef enige tijd staan op de grid. Toen iedereen hem al gepasseerd was, kon hij toch eindelijk ook aan zijn race beginnen. Op het einde van de eerste ronde had hij echter geen hoge versnellingen meer beschikbaar. Jim Clark reed direct een nieuw ronderecord, en dit met een staande start, in 8’36,1”. Hij had al 3 seconden voorsprong op Graham Hill, Jackie Stewart en Dan Gurney, die elk minder dan een seconde van elkaar reden. 15 seconden later volgde een groepje met Lorenzo Bandini, Mike Spence, Jochen Rindt, Denny Hulme, Jack Brabham, Gerhard Mitter en Jo Bonnier. Dan was er weer een gat tot Bruce McLaren en de rest van het veld. Frank Gardner had in de loop van de eerste ronde zijn Brabham al moeten parkeren aan de zijkant van de baan. Ook hij had problemen met de versnellingsbak, wat hem tot de opgave dwong. Toen ook Richard Attwood en John Surtees eindelijk passeerden had iedereen er een rondje opzitten. De laatste twee doken wel direct de pit in. Richard Attwood liet er naar zijn motor kijken terwijl John Surtees zijn problemen bij het inschakelen van een versnelling liet herstellen. Tijdens de 2e ronde kon Graham Hill de afstand tot Jim Clark constant houden op 3 seconden. Jackie Stewart, die ook probeerde te volgen, maakte een fout in ‘Wippermann’. Hij verboog er zijn ophanging en nadat hij nog een ronde kon volmaken, moest hij in de pit toch opgeven. Achter Graham Hill reed Dan Gurney nu op een eenzame derde plaats. Dan volgde een groep aangevoerd door Mike Spence die vocht voor de vierde plaats. Achteraan in die groep waren trouwens Bruce McLaren en Jo Siffert komen aansluiten.

Graham Hill kon het tempo van Jim Clark een tijdje volgen maar na 5 ronden was het verschil toch al opgelopen tot 9 seconden. Dan Gurney reed op dat moment ongeveer 10 seconden achter Graham Hill. Zelfs het gevecht voor de vierde plaats werd wat rustiger. De strijd ging nog tussen Mike Spence, Bruce McLaren, Jo Bonnier, Jo Siffert en Jochen Rindt. De anderen waren weggevallen, zoals Lorenzo Bandini, die in de vorige ronde was gespind. Denny Hulme van zijn kant stond op het punt op te geven met een lek in de benzinetank. Deze was veroorzaakt door zijn stoel die los was komen te zitten en een gat had gemaakt in de benzinetank die net daar onder gemonteerd was. Een ronde later viel ook Jo Bonnier weg uit dat groepje. Eerst kwam hij naast de baan terecht en vervolgens maakte hij nog een pitstop om zijn wagen te laten inspecteren. Dan was het de beurt aan Bruce McLaren. Hij moest de strijd staken met een versnellingsbakprobleem. Toen ook Mike Spence, Gerhard Mitter, Richard Attwood en Jo Siffert allemaal kort na elkaar moesten opgeven, kwam niet alleen het gevecht voor de vierde plaats tot een einde, maar bleven er maar 10 wagens meer over in deze race. Jochen Rindt was door al deze uitvallers opgerukt naar een 4e plaats. Hij had 17 seconden voorsprong op Jack Brabham. In de 12e ronde moest uiteindelijk ook John Surtees nog opgeven doordat zijn problemen met de versnellingsbak terug de kop opstaken. Vanaf dat moment van de race veranderde er niets meer. 

Jim Clark won er zijn 6e wedstrijd van het seizoen en mocht zich met nog 3 races te rijden toch al de nieuwe wereldkampioen noemen. Hij had al 54 punten voor Graham Hill met 30 punten. Bij de constructeurs had Lotus/Climax nu eveneens 54 punten voor BRM met 39.