De organisatoren van de Grand Prix van Duitsland hadden beslist om ook 11 Formule 2 wagens uit te nodigen voor de race. Het was vooral hun bedoeling om de toeschouwers waar voor hun geld te bieden. Net als in 1957 en 1958 zouden de Formule 2 coureurs voor een apart klassement rijden. Tel bij die 11 de 19 Formule 1 rijders bij en je had een vol veld aan de start van de eerste training op donderdag. De volgende Formule 1 teams waren aanwezig: Lotus, Brabham, BRM, Cooper, Ferrari en Eagle. McLaren was bij een gebrek aan motoren afwezig. Er waren ook weer een pak privé-teams in Duitsland aanwezig. De belangrijkste waren de teams van Reg Parnell, het Anglo-Suisse Racing Team en Guy Ligier.

Voor één keer was het niet het team van Brabham dat de snelste tijden realiseerde. De wagen van Jack Brabham was nog niet klaar. De monteurs waren hem nog volop aan het monteren toen ook Denny Hulme hen nog wat extra werk gaf. In zijn eerste ronde op het circuit in de Eifel, blies hij zijn Repco motor op. Ook de Eagle van Dan Gurney kreeg direct af te rekenen met problemen. Toen hij in de pit zijn wagen wou starten, bemerkte men een waterlek. De mecaniciens konden dus al direct aan de slag om dit euvel te herstellen. Ondertussen reed Jackie Stewart in zijn BRM de snelste tijd in 8’26,0”. Dan volgde Jim Clark met een tijd van 8’27,2”. Verrassend genoeg reed Ludovico Scarfiotti de derde tijd. Hij reed in de oude Ferrari 246 met een 2.4 liter motor.

Op vrijdagnamiddag regende het op de Nürburgring. Uiteraard waren de tijden dan een pak langzamer. Toch was er veel activiteit te bespeuren op de baan. Dat had vooral te maken met het feit dat men voor aanstaande zondag ook regen voorspelde. De coureurs konden dus al wennen aan die omstandigheden. In deze natte omstandigheden was het nauwelijks een verrassing te noemen dat er enkele coureurs van de baan vlogen. Het ergste ongeval overkwam met Guy Ligier. Hij brak zijn been toen hij uit zijn Cooper werd geworpen. Uiteraard moest Guy Ligier zich terugtrekken voor de race.

Op zaterdag was de baan opnieuw droog. Op het einde van de 2 ½ uur durende training veroverde Jim Clark de pole met een tijd van 8’16,5”. Naast hem op de eerste rij stonden John Surtees, Jackie Stewart en Ludovico Scarfiotti. De Italiaan was dus sneller dan zijn teamgenoten, die nochtans met het 312 model onderweg waren. Ze stonden samen op de tweede rij met Jack Brabham. Denny Hulme kon geen enkele echt snelle ronde neerzetten en moest starten van op de vijfde rij. Hij kloeg over het feit dat zijn wagen onbestuurbaar was. Later die avond zouden de monteurs het probleem (het differentieel) vinden en oplossen. Ook Graham Hill was helemaal niet tevreden met zijn 2.0 liter BRM. Eerst had hij een wiel verloren en later begaf zijn motor het. Hij moest van op de derde rij starten.

18 Formule 1 wagens aangevuld met 9 Formule 2 wagens stonden aan de start van de race. Zoals verwacht lag het circuit er nat bij. John Surtees nam de beste start en na de eerste bocht werd hij op de hielen gezeten door Jack Brabham, Lorenzo Bandini en Jochen Rindt. Al in de eerste ronde, in de afdaling naar ‘Quiddelbacher Höhe’ gebeurde er een ernstig ongeval. Iemand had John Taylor achteraan aangetikt waardoor deze van de baan schoof. Hij vloog tegen de omheining waar zijn wagen al snel in brand vloog. John Taylor werd met zware brandwonden afgevoerd naar het hospitaal, waar hij een maand later aan de gevolgen van dit ongeval zou overlijden. Ondertussen probeerde Jack Brabham de leiding van John Surtees over te nemen. Net voor het einde van de eerste ronde slaagde hij daar ook in. Op de derde plaats reed Jochen Rindt voor Jim Clark, Dan Gurney en Jackie Stewart, die allen Lorenzo Bandini al hadden gepasseerd. In de 2e ronde ging ook Graham Hill voorbij de Ferrari kopman. In de 4e ronde ging Graham Hill dan ook nog voorbij Jackie Stewart en Jim Clark. De wereldkampioen van zijn kant was niet tevreden over de bandenkeuze. De monteurs hadden Firestone banden gemonteerd terwijl Clark liever met de Dunlop regenbanden had gereden. Ondertussen reed het leidende trio nog steeds in dezelfde volgorde. Het enige verschil was dat John Surtees Jack Brabham kon bijhouden maar dat Jochen Rindt nu al op 15 seconden volgde.

Halfweg de race was er nog niet veel veranderd. John Surtees reed nog steeds in het zog van Jack Brabham. De kleinste fout zou onmiddellijk afgestraft worden. Jochen Rindt volgde nu al op bijna 1 minuut.Daarna kwamen Dan Gurney, Denny Hulme, Jackie Stewart en Graham Hill. In de 9e ronde kreeg Denny Hulme, die aan een mooie remonte bezig was na zijn slechte training, echter problemen met zijn Repco motor. Hij kon de pit niet meer bereiken en verdween uit de race. Daardoor reed Graham Hill nu terug op de vijfde plaats. Dan Gurney, die voor hem reed in de Eagle, had ongeveer 1 minuut voorsprong op de BRM coureur. Achter Graham Hill volgden Jim Clark en Jackie Stewart. Dan pas volgde de eerste Ferrari van Mike Parkes gevolgd door Lorenzo Bandini en Ludovico Scarfiotti. Even later zag het er voor Ferrari nog slechter uit. In de 10e ronde moesten zowel Mike Parkes, die gespind was, als Ludovico Scarfiotti, wiens batterij leeg was, de strijd staken. Op dat moment waren er nog slechts 11 Formule 1 wagens in de race. Bij het begin van de elfde ronde moest ook Chris Lawrence, die op de laatste plaats reed, opgeven. De ophanging van zijn Cooper had het begeven. Jim Clark was de volgende opgever. Hij verloor de controle over zijn stuur in de 12e ronde. En in de 13e ronde tenslotte moest ook Mike Spence de race verlaten. Op zijn Lotus was de alternator stuk gegaan wat er dan weer voor zorgde dat hij korte tijd later met een platte batterij aan de kant stond. Ondertussen bleven de posities vooraan ongewijzigd. John Surtees reed nu zelfs rond zonder koppeling. Maar ook de ‘handling’ van de Cooper was er op achteruit gegaan nu de brandstoftank bijna leeg was. Daardoor kon Jack Brabham zijn voorsprong die 5 seconden bedroeg na 13 ronden uitbreiden tot 44 seconden aan de finish. Jochen Rindt werd na een eenzame race derde. In de laatste ronde kreeg Dan Gurney nog technische problemen. Hij verloor zijn vierde plaats aan Graham Hill. Vijfde werd Jackie Stewart voor Lorenzo Bandini en Dan Gurney die toch nog als zevende werd geklasseerd.

In de stand voor het wereldkampioenschap had Jack Brabham nu al 39 punten. De kloof met de tweede bedroeg al 22 punten. Met nog drie races te gaan was de beslissing bijna gevallen. Tweede stond Graham Hill met 17 punten voor John Surtees en Jochen Rindt met 15 punten. Bij de constructeurs had Brabham/Repco nu 39 punten. Ook zij leken op weg naar de wereldtitel want de tweede, Ferrari had nog maar 23 punten. Derde stond BRM met 22 punten en Cooper/Maserati had al 17 punten vergaard.