Na de eerste trip naar Canada keerde het Grand Prix circus terug naar Europa voor de Grand Prix van Italië. Ferrari had voor deze gelegenheid weer iets nieuws in petto. Ze kwamen met een 48 kleppen motor die 390 PK leverde bij 10.800 t/min. Het was wel verrassend dat het team maar één rijder inschreef, zeker als je weet dat Ludovico Scarfiotti, die de race vorig jaar won, beschikbaar was. De Italiaan vond toch voor deze race onderdak bij het team van Dan Gurney in een tweede Eagle T1G. Ook Honda kwam met iets nieuws. Eindelijk debuteerde daar de langverwachte RA300. Deze werd, zoals gewoonlijk, bestuurd door John Surtees. Bij Cooper was Pedro Rodriguez nog steeds gekwetst. Hij werd vervangen door Jacky Ickx. Lotus had weer een derde wagen ingeschreven, deze keer voor Giancarlo Baghetti. In totaal waren er trouwens 18 coureurs die zich ingeschreven hadden. Ferrari, McLaren, Cooper, Eagle, Brabham, Lotus en BRM waren zoals gewoonlijk er allemaal bij. Van privé-zijde waren de inschrijvingen beperkt tot Guy Ligier, die reed met een Brabham BT20 ingeschreven onder zijn eigen naam, Jo Siffert (Cooper T81) van het Rob Walker Racing Team, Jo Bonnier (Cooper T81) van zijn eigen team en Chris Irwin (BRM P83) van het Reg Parnell Racing Team. 

De leider in de tussenstand, Denny Hulme, was in het begin van de eerste training, op vrijdagnamiddag, de snelste. Even later stond hij echter aan de kant met een mechanisch defect. Ook John Surtees kwam met zijn nieuwe Honda niet ver. Daar zorgde de anti-rollbar voor problemen. Hij stapte dan ook over in de oudere RA273, terwijl men het probleem op de RA300 probeerde op te lossen. Iets wat ook zou lukken. Ondertussen stond ook Jim Clark in de pit. De monteurs waren er een nieuwe versnellingsbak in zijn Lotus 49 aan het monteren. Eens dit gedaan reed hij een ronde in 1’28,5”, wat de snelste tijd van de dag bleek te zijn. De tweede tijd werd gereden door Jack Brabham met een tijd van 1’29,3”. Chris Amon werd derde met een achterstand van 0,1 seconde op Brabham.

De regen verstoorde de trainingen op zaterdag. Alleen het eerste half uur was de baan droog. Door de dreigende regen verscheen iedereen in het begin van de training op de baan. Jack Brabham verbeterde zich tot 1’23,80” en Bruce McLaren tot 1’29,31”. Jim Clark bleef echter op pole met zijn tijd van gisteren. Op de tweede rij, met enkele honderdsten achterstand op Bruce McLaren stonden Chris Amon en Dan Gurney.

Op zondag was het terug zonnig en warm in Monza. De start verliep in de grootste verwarring. Eerst was er bij het team van Cooper paniek toen bleek dat de batterij van de wagen van Jochen Rindt plat was. Deze werd nog snel vervangen door de monteurs. En dan was er nog een groot misverstand. Een official zwaaide met de groen vlag ten teken dat de coureurs klaar moesten zijn voor de start. Jack Brabham dacht echter dat dit het signaal van de start al was en scheurde met piepende banden weg. Voor iedereen het doordat, waren alle coureurs onderweg voor de race. De starter, die de Italiaanse vlag vasthad, stond er wat beteuterd bij.

Ondanks zijn te snelle start kwam Jack Brabham na één ronde, maar als tweede door. Dan Gurney had hem halverwege de eerste ronde gepasseerd. Daarachter volgden Graham Hill, Jim Clark, Bruce McLaren, Jackie Stewart, Denny Hulme, Chris Amon, Ludovico Scarfiotti en John Surtees. In de tweede ronde ging Jim Clark voorbij Graham Hill. Samen ging het Lotus koppel ook snel voorbij Jack Brabham. Maar Clark was hiermee nog niet tevreden en een ronde later reed hij aan de leiding. De Amerikaan Dan Gurney probeerde Jim Clark bij te houden, iets wat hem ook een vijftal ronden gelukte. Toen blies hij echter zijn Weslake motor op. Om de zaken voor Dan Gurney nog erger te maken, kreeg ook Ludovico Scarfiotti af te rekenen met hetzelfde probleem en was het ganse team van AAR buiten de strijd. Ondertussen was Graham Hill dus opgeschoven naar de 2e plaats. Uit de achtergrond was Denny Hulme aan een opmars bezig. Hij was achtereenvolgens Bruce McLaren, Jackie Stewart en Jack Brabham al gepasseerd. Hij kwam nu aansluiten bij de twee Lotussen. In de 9e ronde slaagde hij er in voorbij Hill te gaan. Hij kon zelfs even de leiding overnemen. Jim Clark liet echter niet begaan en nam de leiding direct terug over. In de 13e ronde kreeg hij echter af te rekenen met een lekke band. Hij moest traag naar de pit rijden waar men de band zo vlug mogelijk verving. Hij verloor toch erg veel terrein en kwam pas als 15e terug op de baan, net achter het leidende trio. Zes ronden eerder had ook Jackie Stewart al een pitstop moeten maken omdat hij in ‘Lesmo’ van de baan was geraakt en de vangrails daarbij had geraakt. Ook Stewart was daardoor ver teruggevallen in de voorlopige stand. Net achter Jim Clark was er een hevig duel aan de gang voor de vierde plaats. Dat ging tussen John Surtees, Chris Amon, Bruce McLaren en Jochen Rindt. Dit gevecht kreeg bijna alle aandacht. Ondanks dat gevecht was Jim Clark toch de man van de race. In de 25e ronde was hij er al in geslaagd om zichzelf te ontdubbelen. Hij vocht als een leeuw om teug naar voren op te schuiven. Ondertussen hadden zowel Jack Brabham, Denny Hulme en Graham Hill de leiding al in handen gehad. Denny Hulme was de eerste die vooraan echter kreeg af te rekenen met problemen. Zijn motor geraakte oververhit waardor hij in de 31e ronde te race moest verlaten.

Halfweg de race was Jim Clark al opgerukt naar de zevende plaats. Graham Hill had optimaal gebruik gemaakt van de slipstream van zijn teammaat. Hij had nu al 17 seconden voorsprong op Jack Brabham. Het gevecht voor de derde plaats was nog steeds aan de gang tussen de Ferrari van Chris Amon, de Honda van Surtees, de McLaren van McLaren en de Cooper van Jochen Rindt. Ze volgden wel al op bijna één minuut van Graham Hill. Al de rest van de coureurs waren al gedubbeld. Giancarlo Baghetti was net teruggezakt tot achter zijn teamgenoot Jim Clark. De volgende 12 ronden vielen er geen positiewissels te noteren. Alleen kwam Jim Clark elke ronde korter bij het groepje dat streed voor de derde plaats. Ondertussen werd de voorsprong van Graham Hill alsmaar groter. Dan, tussen de 46e en 47e ronde, ging Jim Clark eerst voorbij Bruce McLaren, dan een ronde later voorbij Chris Amon. Bruce McLaren was tot stilstand gekomen doordat de V12 BRM het had begeven en Chris Amon stond stil in de pits om zijn wagen te laten controleren, omdat die zich zo ‘raar’ gedroeg. Dit zorgde er mede voor dat het gevecht voor de derde plaats tot een einde kwam. Jochen Rindt moest immers ook John Surtees laten rijden. Deze laatste was nu op zoek naar Jack Brabham. Maar deze zijn gaspedaal bleef soms hangen waardoor zijn motor soms veel te hoog in de toeren ging. Daardoor was zijn motor vermogen aan het verliezen.

Met nog 15 ronden te rijden had Jim Clark ook Jochen Rindt te pakken. Met een tempo van 2 seconden per ronde kwam hij nu ook korter op Jim Surtees en Jack Brabham. In het begin van de 59e ronde had Jim Clark zijn achterstand op John Surtees bijna goedgemaakt. Aan het einde van de ronde reed hij op de derde plaats. Bijna gelijktijdig begaf die motor van Graham Hill het. De ongelukkige Brit, die bijna het hele veld had gedubbeld, stond er maar beteuterd bij toen zijn achtervolgers hem voorbij reden. De leiding werd overgenomen door Jack Brabham, maar amper twee ronde later reed niemand minder dan Jim Clark op kop. Hij had het onmogelijke gedaan door meer dan een ronde achterstand op te halen. Hij reed erg snel weg van Jack Brabham, die in de 65e ronde gepasseerd werd door John Surtees. Alles leek beslist in deze race. Maar dan, bij het begin van de laatste ronde, slonk de voorsprong van Jim Clark als sneeuw voor de zon. Ze kwamen voor de voorlaatste keer over de streep met een onderling verschil van minder dan twee seconden. Het was ongelooflijk, maar de brandstofpomp op de Lotus bleek niet in staat om de laatste liters benzine uit de brandstoftank te krijgen.. Voordat ze bij de ‘Lesmo’ waren hadden zowel John Surtees als Jack Brabham de Schot gepasseerd. In de laatste bocht waagde Jack Brabham alles op alles. Hij remde erg laat, schoor John Surtees voorbij, maar ging ook veel te wijd door de bocht waardoor John Surtees terug voorbij kon. Deze behield zijn kleine voorsprong vast en gaf de nieuwe Honda een droomdebuut. De morele winnaar was echter Jim Clark, die er toch nog in slaagde om als derde over de streep te rijden. De enige andere coureur die de volledige afstand aflegde, was Jochen Rindt, die vierde eindigde.

In de stand voor het wereldkampioenschap had Denny Hulme nu 43 punten. Met 40 punten had Jack Brabham slechts 3 punten achterstand. De rest, met Jim Clark op kop, was kansloos voor de titel met 23 punten gevolgd door Chris Amon met 20 punten. Bij de constructeurs had Brabham/Repco de leiding met 57 punten voor Lotus/Ford met 26 punten, Cooper/Maserati 24 en Ferrari met 20 punten.